Čistota vody v našich řekách se zlepšuje. Dlouhodobé zlepšení je způsobeno postupující výstavbou čistíren odpadních vod, využíváním efektivnějších technologií, ale také rušením či omezením provozu řady průmyslových podniků a nižším používáním umělých hnojiv v zemědělství v nedávné minulosti. Vyplývá to z pravidelné zprávy o stavu ochrany vod v České republice, kterou projedná vláda.
„Za posledních 15 let došlo k eliminaci kategorie velmi silně znečistěná voda jak na všech velkých řekách, tak i na většině jejich přítoků. Problematické jsou ale některé úseky menších řek – například Bílina, Lužnice pod Veselím, Zákolanský potok, Chomutovka a další,“ konstatuje ministr životního prostředí Libor Ambrozek.
Přetrvávajícím problémem je plošné znečištění, především ze zemědělského hospodaření. Vysoká je míra mikrobiálního znečištění povrchových vod a kontaminace nebezpečnými látkami vody i sedimentů na některých úsecích vodních toků. V řadě vodních nádrží je jakost vody nepříznivě ovlivněna eutrofizací (příliš vysoký obsah živin, především sloučenin dusíku a fosforu), která způsobuje zvýšenou produkci řas a sinic, a tím se omezuje vodárenské využívání. Problematické je například přehnojování rybníků při chovu ryb a v posledních letech opětovný nárůst v používání umělých hnojiv v zemědělství. V našich podmínkách je to zvlášť významné, protože více než 50 % pitné vody čerpáme z povrchových zdrojů.
Všechna sídla nad 10 000 obyvatel mají zajištěno alespoň základní mechanicko-biologické čištění odpadních vod. Prioritou je stavba čistíren a kanalizací v obcích nad 2000 obyvatel a rekonstrukce stávajících čistíren v obcích nad 5000 obyvatel.
